بیماری‌های روده‌ای به دلیل زیان‌های اقتصادی بی‌شمار، یکی از مهمترین مشکلات صنعت طیور به شمار می‌آید. در سالهای اخیر، به دلیل افزایش مقاومت به آنتی‌بیوتیک‌ها و کوکسیدیواستات‌ها، همراه با ممنوعیت استفاده از محرک‌های رشد آنتی‌بیوتیکی، بیماری انتریت روده‌ای و کوکسیدیوز به عنوان نگران کننده‌ترین بیماری گوارشی در صنعت طیور مطرح می‌شود. این دو بیماری ارتباط نزدیکی با هم دارند و گاهی اوقات بطور همزمان اتفاق می‌افتد که تشخیص آن را پیچیده می‌کند. تشخیص صحیح، کلید انتخاب یک درمان موفق است. جدول بعد به تشخیص افتراقی این دو بیماری تا حدی کمک می‌کند.